Mạc Chính Trung chạy sang đất nhà Minh xin nương nhờ. Đề đốc quân vụ Trương Nhạc tâu lên, Minh Thế Tông sai quan phủ Thiều châu thu xếp cho Mạc Chính Trung chỗ ở tại Thanh Viễn, chu cấp lương thực cho. Mạc Chính Trung kể tội đại thần Nguyễn Kính chuyên quyền, đuổi ông là người thừa kế ngôi vị nhà Mạc. Minh Thế Tông ngờ vực Mạc Tuyên Tông không phải dòng dõi Mạc Thái Tổ nên sai sứ đưa thư sang hỏi.

Năm 1549, Mạc Kính Điển, Lê Bá Ly cùng hộ vệ Mạc Tuyên Tông lên ải Trấn Nam gặp sứ nhà Minh để biện bạch. Quan nhà Minh tại Lưỡng Quảng chấp thuận, công nhận Mạc Tuyên Tông[1].

Chính Trung muốn ở lại nương nhờ Trung Quốc nhưng Tử Nghi phản đối chủ trương dựa vào Trung Quốc. Tử Nghi nảy ý định đánh phá Lưỡng Quảng, đòi lại Chính Trung, bèn phao tin rằng Mạc Phúc Nguyên đã chết và muốn đón Chính Trung về nối ngôi[3]. Sau đó Tử Nghi mang quân đánh phá Khâm châu và Liêm châu. Tổng đốc Quảng Đông là Âu Dương Tất Tiến (歐陽必進) sai tham tướng Khâm châu là Du Đại Du (俞大猷) mang quân ra chống Tử Nghi[4][5]. Tử Nghi thua trận, chạy về Đại Việt đóng ở Vân Đồn.

Năm 1551, Mạc Kính Điển sai người lừa bắt được Tử Nghi mang chém. Mạc Chính Trung không được nhà Minh ủng hộ làm vua, sau đó bị quân Minh đánh bại và giết chết tại Trung Quốc. Không rõ ông bao nhiêu tuổi.